Hola!
a ver,una imagen se compone de ceros y unos,no? y un audio tambien. Y un texto. Entonces lo de cifrar un archivo, se cifra en ese conjunto de 0 y 1? o se aplica en una capa superior?
Tienes todo mezclado.
Cuando guardas información en un archivo de computadora, lo haces de forma digital. Como la base de los sistemas es binaria, lo que guardas son "ceros y unos" (por supuesto, físicamente no se guardan números, sinó que se define un estado "X" como a un cero y otro estado "Y" como a un uno. Esos estados dependen del medio usado para almacenar información.).
Ahora, la información debe guardarse de cierta forma para que tenga sentido y pueda ser leída/escrita luego. Cuando eso ocurre, es porque se
codifica la misma (Luego están los
formatos de archivo, pero eso ya es otro nivel de abstracción).
El
cifrado de información aplica en el mismo nivel que los formatos de archivos.
Revisa los links de wikipedia. Ahí tienes muchísima información.
Saludos!
PD: Sigues haciendo preguntas que puedes responder rápidamente con buscadores.