Depende de que descargaste, en algunos instaladores, requieren de la consola, para ello la lanzan con ciertos parámetros y de forma visible, quizás para intentar demostrar "transparencia" aunque creo que eso solo asusta al usuario.

Saludos

Hombre...de un libro...y que haga uso del cmd...si me dices cualquier programa bueno, pero un libro...

Hola Nostarck, como te han comentado es extraño que al abrir un libro, ya sea pdf, chm, etc, no se tendría que abrir la consola de dos. Bajo mi punto de vista algo hay ahí y al reiniciar los cambios ya se han hecho, normalmente si se acompaña de algun tipo de malware en el reinicio se realizan todos los cambios.
Yo analizaría con tu antivirus y algun programa tipo Malwarebytes a ver si encuentra algo.
Puedes revisar los procesos que se inician al cargar el sistema, como comentas se te abre el cmd al iniciar con el mensaje:


En este tema puedes descargar herramientas para analizar tu sistema y poder ver si hay algo detrás de esa adverténcia, que lo más seguro se haya instalado algo en segundo plano:

https://foro.elhacker.net/seguridad/guia_rapida_para_descarga_de_herramientas_gratuitas_de_seguridad_y_desinfeccion-t382090.0.html

Saludos.