No me funcionó, pero es posible que sea que lo configuré mal.

Ya hice uno que me funciona de maravilla, pero quiero optimizarlo.
--------------------------------------------------
@echo off
color 0A
title FILTRADO INCAPACIDADES ver3.0
rem Programa: filtroIGE_ver3.5.bat
echo    ÚÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄ¿
echo    ³              Filtrado INCAPACIDADES             ³
echo    ³                   Shinseiki86                   ³
echo    ÀÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÙ
echo °
goto ingreso

:nocarp
@echo CARPETA INEXISTENTE!

:ingreso
@echo Ingrese o arrastre carpeta a procesar:
set /p carpeta="> "
%carpeta:~1,2%
cd %carpeta%
if %errorlevel% GTR 0 goto nocarp
cls

:busqueda
echo    ÚÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄ¿
echo    ³              Filtrado INCAPACIDADES             ³
echo    ³                   Shinseiki86                   ³
echo    ÀÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÙ
echo _
echo PROCESANDO 000%%% °°°°°°°°°°°°
findstr /m /c:"000323               0000000000000000000000000000000000000000" *.txt > filtro.xls
cls

echo    ÚÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄ¿
echo    ³              Filtrado INCAPACIDADES             ³
echo    ³                   Shinseiki86                   ³
echo    ÀÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÙ
echo _
echo PROCESANDO 025%%% ÛÛÛ²±°°°°°°°
findstr /m /c:"000333               0000000000000000000000000000000000000000" *.txt >>filtro.xls
cls

echo    ÚÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄ¿
echo    ³              Filtrado INCAPACIDADES             ³
echo    ³                   Shinseiki86                   ³
echo    ÀÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÙ
echo _
echo PROCESANDO 050%%% ÛÛÛÛÛÛ²±°°°°
findstr /m /c:"0003230              0000000000000000000000000000000000000000" *.txt >>filtro.xls
cls

echo    ÚÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄ¿
echo    ³              Filtrado INCAPACIDADES             ³
echo    ³                   Shinseiki86                   ³
echo    ÀÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÙ
echo _
echo PROCESANDO 075%%% ÛÛÛÛÛÛÛÛÛ²±°
findstr /m /c:"0003330              0000000000000000000000000000000000000000" *.txt >>filtro.xls
cls
goto finalizado

:error
echo Se ha producido un error!
echo Posiblemente el archivo está abierto
echo Cierre el archivo filtro.xls y presione cuaquier tecla para
echo intentar crear de nuevo el archivo.
pause >nul
cls
goto busqueda

:finalizado
echo    ÚÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄ¿
echo    ³              Filtrado INCAPACIDADES             ³
echo    ³                   Shinseiki86                   ³
echo    ÀÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÙ
echo _
echo PROCESANDO 100%%%% ÛÛÛÛÛÛÛÛÛÛÛÛ
echo Archivo filtro.xls generado con exito!
PAUSE


if not exist OK mkdir OK
:proceso
cls
echo    ÚÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄ¿
echo    ³        Proceso de movimiento a carpeta OK       ³
echo    ÀÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÙ
echo _
echo Copie Nombre archivos a procesar:
set /p archivo="> "
if not exist %archivo% goto noarch
cls

echo    ÚÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄ¿
echo    ³             PROCESANDO ÛÛÛ²²²±±±°°°             ³
echo    ÀÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÙ
move %archivo% OK\
goto proceso
cls

:noarch
cls
echo    ÚÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄ¿
echo    ³°°°°°°°°°°°°°°°ARCHIVO INEXISTENTE!°°°°°°°°°°°°°°³
echo    ÀÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÙ
echo _
echo %archivo% No existe.
pause
cls
goto proceso
------------------------------------------------------------------------------------------
En el archivo filtro.xls utilizo =A1=A2 para saber cuales estan repetidas. Aplico filtros, selecciono las que sean verdaderas y las copio en el batch.

linea 3:
set lacarpeta = objfso.getfolder("C:\Documents and Settings\tesdcv01\Escritorio\pruebas")
linea 19:
objfso.movefile f.path,"C:\Documents and Settings\tesdcv01\Escritorio\pruebas\ok"&f.name
La 19 es la que saca error

set objfso = createobject("scripting.filesystemobject")
set lacarpeta = objfso.getfolder("C:\Documents and Settings\tesdcv01\Escritorio\pruebas")
set afil = lacarpeta.files
movidos = 0
for each f in afil
set elarchivo = objfso.OpenTextFile(f.path,1)
contenido = elarchivo.readall
primero = instr(1,contenido,"000323               0000000000000000000000000000000000000000",1)
segundo = instr(1,contenido,"000333               0000000000000000000000000000000000000000",1)
elarchivo.close
if primero =0 or segundo=0 then
objfso.movefile f.path,"C:\Documents and Settings\tesdcv01\Escritorio\pruebas\ok"&f.name
movidos = movidos+1
end if
next
if movidos = 0 then
msgbox "No se ha movido ningún archivo"
else
msgbox "Se han movido " & movidos &" archivos"
end if
*********************************************
Me renombró los archivos asi:
okokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokokok2008-06-05_641006_NI_891501133_EPS018_88_I
jeje la verdad no tengo la mas remota idea de por qué.

mmmm ahora me aparece un error en linea 12...

set objfso = createobject("scripting.filesystemobject")
set lacarpeta = objfso.getfolder("C:\Documents and Settings\tesdcv01\Escritorio\pruebas\")
set afil = lacarpeta.files
movidos = 0
for each f in afil
set elarchivo = objfso.OpenTextFile(f.path,1)
contenido = elarchivo.readall
primero = instr(1,contenido,"000323               0000000000000000000000000000000000000000",1)
segundo = instr(1,contenido,"000333               0000000000000000000000000000000000000000",1)
elarchivo.close
if primero =0 or segundo=0 then
objfso.movefile f.path,"C:\Documents and Settings\tesdcv01\Escritorio\pruebas\ok\"&f.name
movidos = movidos+1
end if
next
if movidos = 0 then
msgbox "No se ha movido ningún archivo"
else
msgbox "Se han movido " & movidos &" archivos"
end if
 

Te había enviado un privado, para no seguir llenando el post 

Cual es el texto que aparece en el error?
También hay que tener en cuenta que la carpeta C:\Documents and Settings\tesdcv01\Escritorio\pruebas\ok debe de existir

Saludos