Se me soluciono el problema de la ventana de cmd ahora me queda otro que es que no me esta enviando una ventana emergente diciendo que el proceso ya termino cuando la compilo desde el IDE sin problema el problema lo tengo cuando ejecuto el .exe que me hace todo el proceso y no me la muestra le dejo el código. Gracias por la ayuda anterior
for cosa in os.listdir(diretBackupath):
origen = diretBackupath + '/' + cosa
destino = diretAltuspath+ '/' + cosa
shutil.copyfile(origen ,destino)
tkinter.messagebox.showinfo("Restaurar", "La restauración se ha realizado")