EDITO:
Si quieres, prueba a usar alguno de estos scripts,
Con un poco de maña puedes hacer que se auto-descifre el código en tiempo de ejecución agregando las variables y sus valores en el bat cifrado.

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> [Ruby] [APORTE] Text Protector
> [Batch] [APORTE] Text Protector

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> [BATCH] [APORTE] BatOfuser Ofuscador/Desofuscador para bats.

Ejemplo:

@Echo OFF
 
Set "{=B"
Set "º=C"
Set "/=D"
Set "!=E"
Set "@=H"
Set "?=I"
Set "#=L"
Set "}=M"
Set "$=O"
Set "-=R"
 
%!%%º%%@%%$% Estoy ejecutandome :D | %}%%$%%-%%!% | %}%%$%%-%%!% 
 
%!%%º%%@%%$% %/%%?%%-% "%º%:\": | %}%%$%%-%%!% 
%/%%?%%-% /%{% "%º%:\"
 
Pause&Exit

Saludos.

Cualquier símbolo que admita el cmd(algunos simbolos hacen cosas extrañas en la consola, asi que hay que tener cuidado).
Consejos:
1-Ten cuidado con letras como la ñ, que el cmd las visualiza de diferente manera, utiliza MORF. 
http://foro.elhacker.net/scripting/batchaportemorftransforma_texto_unicode_a_ansi-t377748.0.html aun esta en proceso. Pero es funcional.
2-Se recursivo, utiliza parámetros inválidos(como un set que haga una variable inútil), mezcla métodos.
3-Metodos:
Con set=se crean variables de diferentes letras, o se crea una sola variable con todas las letras y/o simbolos, y despues se interpreta,ejemplo:
Con for=Similar a set, se pueden hacer muchas cosas, así que no daré ejemplos.
Con debug=se coge el símbolo en hexadecimal y se escribe.
ETC, ETC.

SaluDoss.