Hola,

No puedes eliminar una linea directamente en puro Batch, tienes que crear un nuevo archivo sin esa linea.

@Echo OFF
:: By Elektro H@cker
 
REM Call :CUTTER "Numero de linea a borrar" "archivo"
CALL :CUTTER 3 "test.txt"
Pause&Exit
 
:CUTTER
setlocal enabledelayedexpansion
(For /F "usebackq tokens=*" %%@ in ("%~2") DO (Set /A "LINE+=1" & IF NOT "!LINE!" EQU "%~1" (Echo %%@>>"%~n2_Nuevo%~x2"))) & (GOTO:EOF)

PD: Quizás con EDLIN si se puede pero solo está en Windows XP.

EDITO:
mejorado

@Echo OFF
:: By Elektro H@cker
 
REM Call :CUTTER "Numero de linea a borrar" "archivo"
CALL :CUTTER 3 "1.txt"
Pause&Exit
 
:CUTTER
(For /F "usebackq tokens=*" %%@ in ("%~2") DO (Call Set /A "LINE+=1" & (CMD /C "IF not "%%LINE%%" EQU "%~1" (Echo %%@>>"%~n2_Nuevo%~x2")"))) & (GOTO:EOF)

Saludos