Mete todos los jcheckbox implicados (los que denominas elementos) en una lista para tenerlos a mano. Todos menos el de eliminar, el de eliminar lo puedes hacer final y público, lo que sea pero que esté fácil de usar en cualquier lado y lo único es que cuando le apliques una acción, al de eliminar, pues recorres la lista de jcheckboxes y busca los seleccionados y los eliminas, que tendría que ser yendo al padre y hacer un remove() usando como argumento la propia referencia del jcheckbox seleccionado.

Yo eso de poner un botón eliminar con un jcheckbox lo veo incorrecto por no decirte absurdo. Usa por favor un botón.