Bueno creo que tienes un concepto erróneo sobre metodología de programación cuando me juntas
- programación estructurada
- programación orientada a objetos
- alguna metodología ágil
programación estructurada (imperativo) y orientada a objetos son paradigmas de programación
como también lo son funcional, lógico, orientado a eventos etc...
hablando de paradigmas de programación actualmente estamos implementando orientado a objetos para el desarrollo de una plataforma e-commerce y creo que en la actualidad este paradigma es el que domina.
ahora hablando de metodologías de desarrollo en nuestra empresa aplicamos scrum pues al ser un desarrollo web necesitamos crear e implementar nuevos módulos de una manera ágil, y con un flujo de trabajo poco cargado de documentación.