Hola.
Les cuento, me surgió una duda al comenzar a programar en java con el IDE Netbeans donde solo se selecciona una ventana un botón y listo.

El caso esta en que pensé pero el sistema operativo en si como lo hace mediante lenguaje ensamblador o como? Puesto que tienen ya muchas animaciones como transparencias movimientos de ventanas etc.

Podrían darme una idea de como se desarrolla esto.

salu2

Tengo entendido que Netbeans esta hecho en java, debes de entender que lo SO nos dan primitivas con las cuales podemos trabajar, y esas primitivas a su vez dependen de muchas especificaciones de Hardware.
Ahora a partir de esas primitivas, surgen frameworks que trabajan con cosas de mas bajo nivel, y poco poco se van contruyendo cosas para ir subiendo de nivel.
Hasta llegar a nosotros, los usuarios de los lenguajes de programación.

Tal vez no me di bien a entender, el Sistema Operativo sirve, a muy grandes rasgos, para administrar tanto la memoria de la computadora, como para administrar los programas que se están ejecutando en tu computadora.
Sistemas tipo Unix, están en su mayoría hechos en C, teniendo escrita una parte en ASM (la parte que carga al sistema operativo en RAM).
A partir de esto, se fueron agregando módulos o programas de tal forma que fueran agregando mas funcionalidad a tu computadora.
Casi todos los gestores de ventanas actuales están en escritos en C o C++, no en ASM, por que da mas flexibilidad para trabajar.
Cuando tu creas un programa, este trabaja con el gestor de ventanas, con la API que nos proveen. Dado que java es multiplataforma y es interpretado, en realidad lo que haces es indicarle a la maquina virtual de java, como quieres que haga tus ventanas, esta maquina virtual se comunica con el gestor de ventanas (dependiendo del SO) y asi es como te aparecen las ventanas que tu has solicitado.