Tras un rato buscando alternativas a esta llamada a sistema he encontrado la esta pagina:
http://www.cplusplus.com/articles/4z18T05o/. En ella se habla de diferentes formas de realizar la limpieza de la pantalla.

Actualmente estoy empleando system("cls") y me gustaría dejar de usarlo, que es lo que estáis usando vosotros? Alguna recomendación? Alguna a alternativa mas a parte de la que hablan en el articulo que he dejado?

Dependiendo de tus necesidades, una llamada al sistema podria ser muy lenta. En tal caso, para Windows usa el ClearScreen() que comentan en ese articulo que tiene que ser mas rapido.