Y digo yo: y si en vez de usar malloc y después un for para recorrer la tabla y ponerla a 0, ¿porqué no usas calloc y haces todo el trabajo de una tacada?
Pues por que el bucle lo tenía de cuando usaba una matriz única, y con las prisas de pasar a punteros, vi el calloc, pero como me servía malloc, no le di mayor importancia, despues de los mensajes con boctulus le eché un ojo a ver que diferencia había (por pura casualidad) y lo cambié, es más corto y será más rápido. Las prisas, ya se sabe...
Gracias por el consejo, un detalle.