#include <stdio.h>
 
void pillo_cadena (char cad[600],int flag);
int con_pal,con_frase,cont_l_on_palabras,lon_frase;
void palabras_en_palabras (char palabras[],char frase[]);
void ordenar (char cadena[10]);
int comparar (char temp1[10],char temp2[10]);
int longitud_cadena (char cadena[10]);
char convertidor(char caracter);
 
char palabras[10],n_palabras[10][51],temp [10],frase[600];
 
int main (){
 
    char palabras[]="leon San noel.";
    char frase[]="NeoL aSN sAn Nas LeoN.";
    /*
    Acticva lo que sigue para introducir a mano
    los datos y desactiva entonces los dos anteriores
    */
 
    /*int flag=0;
    char palabras[10],frase[600];
    palabras[0]=frase[0]='\0';
     flag=1;
    printf("Introduce un seguido de palabras (10 max) de 50 caracteres como mucho, terminando con un '.'\n");
    pillo_cadena (palabras,flag);
    flag=2;
    printf("Introduce el texto, separando las palabras con especios i terminando con un '.', las palabras deben de ser de 50 letras max\n");
    pillo_cadena (frase,flag);*/
    palabras_en_palabras (palabras,frase);
    return 0;
}
 
void pillo_cadena (char cad[600],int flag){
    int i=0;
    int pillo_cad;
    cad[0]='\0';
    do{
        pillo_cad=getchar();
        cad[i]=pillo_cad;
        if (flag ==1)
            palabras[i]=cad[i];
        if (flag ==2)
            frase[i]=cad[i];
        i++;
    } while (pillo_cad != '\n');
    cad[i-1]='\0';
    if (flag ==1)
        palabras[i-1]=cad[i-1];
    if (flag ==2)
        frase[i]=cad[i-1];
}
 
void palabras_en_frase (char frase[],int con_pal,char temp[]){
    int i,cont=0,cont2=0;
    char aux [10],ch;
    aux [0]='\0';
    for (i=0;frase[i];i++){
        aux[cont]=frase[i];
        ch=frase[i];
        aux[cont]=convertidor (ch);
        cont++;
        if (frase[i]==' ' || frase[i]=='.'){
            aux[cont-1]='\0';
            ordenar  (n_palabras[con_pal]);
            ordenar  (aux);
            if (comparar (aux,n_palabras[con_pal])==0)
                cont2++;
            cont=0;
            aux [0]='\0';
        }
    }
    printf ("\nLa palabra %s tiene %d anagramas " ,temp,cont2);
    printf ("en: %s" ,frase);
}
void palabras_en_palabras (char palabras[],char frase[]){
    int i,j,cont=0,con_pal=0;
    char aux1 [10],temp [10],ch ;
    aux1 [0]=temp [0]='\0';
    for (i=0;palabras[i];i++){
        temp[cont]=palabras[i];
        ch=palabras[i];
        aux1[cont]=convertidor (ch);
        cont++;
        if (palabras[i]==' ' || palabras[i]=='.'){
            aux1[cont-1]=temp[cont-1]='\0';
            for (j=0;aux1[j];j++)
                n_palabras[con_pal][j]=aux1[j];
            n_palabras [con_pal][j]='\0';
            palabras_en_frase (frase,con_pal,temp);
            cont=0,con_pal++;
            aux1 [0]='\0';
        }
    }
}
 
void ordenar (char cadena[10]){
    int i,j,lon;
    char temp1;
    lon=longitud_cadena (cadena);
    for (i = 1; i < lon; i++){
        for (j = 0 ; j < lon-i; j++){
            if (cadena[j] > cadena[j+1]){
                temp1 = cadena[j];
                cadena[j] = cadena[j+1];
                cadena[j+1] = temp1;
            }
        }
    }
}
 
int comparar (char temp1[10],char temp2[10]){
    int i,si_o_no=0;
    if (longitud_cadena(temp1) != longitud_cadena(temp2))
        si_o_no=1;
    else {
        for(i=0;temp1[i];i++)
            if (temp1[i]!=temp2[i])
                si_o_no=1;
        si_o_no=0;
    }
    return si_o_no;
}
 
int longitud_cadena (char cadena[10]){
    int i;
    for (i=0;cadena[i];i++);
    return i;
}
char convertidor(char caracter){
    if (caracter>96 && caracter<123)
            caracter-=32;
    return (caracter);
}
 

Es muy mejorable usando las funciones que mencioné, como para que se puedan introducir números, más espacios entre palabras -como está sólo admite un espacio entre palabras- etc. Pero bueno, creo que lo que te pongo es lo que pedías. Al menos espero te sirva de orientación.