Para ello debes poder almacenar la información. Creo que la forma más visual es mediante dos arrays, uno de tipo <char> y otro de tipo <bool> (se puede añadir la librería <stdbool.h> para poder usar variables boolenas) o sino de tipo <int> con {0,1}.
Cuando te dicen una letra, la buscas en el array de <char>, coges su posición y miras esa posición en el array de tipo <bool/int>. Si el valor es 0, aceptas la letra y lo pones a 1, si el valor es 1, el usuario tiene que elegir otra letra. Suerte

Malentendi lo que estaba dicho antes. Olvida mi comentario anterior.