es por el segundo for, estás iniciando desde la longitud de l1... si tiene 3, recorrerías un par de posiciones solamente.

(agrego) otro tema que veo es que declaras los arreglos justo cuando los vas a llenar... eso en c++ está permitido, pero en ansi c, no es aconsejable. por lo cual deberías o bien pasar el código a c++ o bien (yo aunque sea en c++ lo prefiero así) declararlas al inicio...

básicamente es asignarles a los tres arreglos la memoria a ocupar dinámicamente en ejecución; luego agregarlos al tercero para efectuar la permutación, mediante alguna regla impuesta en tu algoritmo con una variable auxiliar local por ejemplo. (aunque según lo primero que posteas, esas permutaciones puedes lograrlas modificando el algoritmo de ordenamiento de burbuja, que utiliza dos variables en cada extremo, van intercambiando los valores mientras se aproximan).

resumiendo, el código puede quedarte funcional, pero te recomiendo que lo reescribas tanto para tomar buenos hábitos, como para solucionar más rápidamente los problemas que se te vayan presentando al generar código. saludos

 

Me parecen suficientes razones.