No tenés que "anclar" las librerías a Allegro. Y mucho menos meter mano en el código de Allegro. Simplemente hacé una librería propia. Compilala y luego la incluís en cada proyecto sin tener que estar copiando y pegando código.
La forma de crear una librería varía de acuerdo al sistema operativo y a qué herramientas estés usando para el desarrollo.
Pero en cuanto a tu última duda te comento que generalmente las declaraciones de clases, funciones, etc se hacen en archivos de cabecera .h. Y el desarrollo de estas estructuras se hace en un archivo .cpp. En estos archivos .cpp tenés que hacer un #include de los archivos .h correspondientes.
Y la forma de "unirlos" es al momento de compilar. Pero todo esto te quedará más claro cuando quieras empaquetar tu librería.