ah te referis a los bytes de las instrucciones. mejor lee el entero archivo de una vez y luego vas analizando las
cabeceras del ejecutable y demás cosas.

Se puede añadir una sección sin problemas pero requiere más trabajo, se debe incrementar el tamaño de las cabeceras y realinear todas las secciones
y posiblemente actualizar RVAs a cualquier posible sección realineada esto es imposible si el ejecutable no tiene tabla de relocalización, bueno es 80%
imposible todo depende del tipo de ejecutable.

Eso y muchas cosas más http://foro.elhacker.net/analisis_y_diseno_de_malware/taller_en_construccionsecciones_en_archivos_pe-t362515.0.html;msg1912797#msg1912797

definiciones de tipo para punteros a las estructuras.

Sí

Usar crypter

Te digo que si es original poner una entera descripción como nombre de algún programa?

En realidad es algo ambiguo yo no creo que seria algo original escribir una entera descripción como nombre de algun software es primera
vez que lo miras?

Java, VB6, .NET tienen enfoque de actuar como una maquina virtual eso no significa lo mismo.
creo que incluso Wikipedia resuelve tu duda.

No, eso vendria a relacionarse si en el código se necesitase que las importaciones se resuelvan, yo realmente lo veo feo una implementación de
esa manera mejor resolver las funciones a usar durante la inicialización, me refiero a implementar GetModuleHandle, GetProcAddress , salvar la
direcciónes de memoria para luego usarlas.

Y lo que me refiero es a sresolver las direcciónes de memoria: http://en.wikipedia.org/wiki/Relocation_(computing)

En primer lugar como siempre la gente confunde este tipo de terminos lo que en realidad se habla en los enlaces es acerca de emulación de
código y no una maquina virtual, para realmente decir que es una maquina virtual allí debe haber virtualización, una maquina virtual
emula incluso el hardware incluyendo la BIOS.
Noten la enorme diferencia que hay entre emulación de código y una maquina virtual. Un ejemplo claro es Bochs este es más que un
respetable emulador. Y no se extrañen, es comun mirar norteamericanos en CodeProject programando algo que nisiquiera ellos mismos
saben que es.

No sé a que viene esto, supongo que alguien esta teniendo un mal día.

Es posible.

Analizar el programa, todo depende de qué es lo que se quiera interceptar del programa. Talvez siendo más especifico
de qué es lo que quieres interceptar o algo, no creo que alguien se le resuelva la duda con esa respuesta pero debido
a que las posibilidades son miles no podria considerar todo.

En realidad eso es lo que hace y a hecho malware durante años la descarga de payload desde la algún servidor y ejecutarlo.
Pero sí, hablando especificamente acerca de 'descargar instructiones' y ejecutarlas es posible , el código debe ser especialmente
diseñado para ser ejecutado de tal manera me refiero a PIC Pero igual se puede implementar una función que resuelva las direcciones de memoria de igual manera que lo hace Windows.

Mostranos al menos una 'VM polimorfica' que se encuentre en ese sitio.

Esto no realmente significa que injectando una dll se puede saltar la UAC,Firewall,etc. Si se habla
de inyección de DLL en general viene casí ser lo mismo que ¿Porqué el uso de una DLL? simplemente tener
poder ejecutar tu código en el proceso remoto de una manera más modular.