Hombre Rando , ya te echaba de menos Eso de las Herramientas Administrativas es muy raro. Haz copia de seguridad de todo lo que valores y restaura el sistema a "Hace un tiempo". Si sigue el mismo problema, formatea y déjalo limpio.
cómo te ha funcionado sin incluir la librería system.h ? #include <system.h>
EDIT: Lo he probado sin system.h y funciona, perdón.
Yo te recomiendo que, si es para hacer pausas sólo, no uses system(), ya que una llamada al sistema siempre tarda más. Usa getchar(); , ya que el programa ganará en fluidez.