ubuntu 10.4 tengo Gnome
Ok y... ¿por qué no usas el openjdk-6-jre en vez del sun-java6-jre?
Aunque debería ser igual con el sun-java6-jre, al menos en el caso del primero, asociar un fichero .jar al entorno de ejecución de OpenJDK es tan facil como hacer lo siguiente:
-> click derecho en el fichero .jar
-> selecciona "Propiedades"
-> ve a la pestaña "Abrir con" y marca "OpenJDK Java 6 Runtime"
Pero para que aparezca tienes que instalar el openjdk-6-jre
Claro, tembien podria elegir la opcion usar un comando personalizado y establecer por ejemplo en mi caso "'/usr/lib/jvm/jdk1.7.0/bin/java -jar'" y eliminar el primer elemento de la lista para que al ser double click se ejecute co el comando
un saludo.