Lo que puedes hacer es abrirlo con Olly y llegar hasta la parte donde empieza a extraer los archivos (CreateFileA, etc, etc).
Llegará un momento en el que terminará de hacerlo y, normalmente, correrá algún ejecutable que complete la instalación o, simplemente, mostrará un diálogo indicando que ha terminado.
Puedes usar un BP en la API RegQueryValueA o RegQueryValueExA.
El tema es que deberás ejecutar con F9 cada vez que acceda al registro, hasta que llegues a la clave que quieres.
Si el registro lo consulta luego de iniciar la aplicación (por ej. luego de hacerle click a algun boton) puedes ejecutar el EXE con el BP deshabilitado y habilitarlo antes de hacerle click a dicho boton...