También puede ser que algún programa que piensas que está cerrado pero que tiene aún el proceso abierto. Con windows 7 ningún programa me ha dado problemas con eso, pero con el XP era bastante habitual.
Creo que ya lo he entendido. Pero eso que quieres hacer, así, tal y como lo quieres hacer, no es factible (que yo sepa). Lo que sí puedes hacer, es antes de grabar el dvd, editar esos dos vídeos, y tú montas las imágenes de los dos vídeos como quieras mientras se escucha el mismo sonido de fondo.
Coges un editor de vídeo, pones lo que quieres del primer vídeo, luego a partir de ahí lo cortas, e introduces el otro cacho de vídeo.
Si se te hace complicado casar el sonido de ambos vídeos, te recomiendo, para que no te compliques más en la edición, que extraigas el audio de uno de los dos vídeos, y luego pones el audio en la línea de timepo del programa editor, y pones las imágenes que quieras de los dos vídeos.
Hay un post parecido en el que ponían burradas de CSI!! Recuerdo lo épico de: programaré una interfaz gráfica en visual basic para localizar su IP. XDDDDDD