Te falta lectura...
Puedes usar include o require_once de php de la siguiente manera:
<html>
<head>
<?php include "header.php"; ?>
</head>
<body>
<?php include "contenido.php"; ?>
</body>
</html>
Ahora si necesitas etiquetas que sea reemplazadas por otra cosa, puedes crearte una tabla con el contenido, luego en el código haces algo así:
1. index.php<?php
$contenido_archivo = file_get_contents("index_tpl.php");
$pagina_parseada= str_replace("[CONTENIDO_HEADER]","<h1>ESTE ES EL HEADER que debes buscar en tu BD</h1>", $contenido_archivo);
$pagina_parseada= str_replace("[CONTENIDO_BODY]","<h3>ESTE ES EL BODY que debes buscar en tu BD</h3>", $pagina_parseada );
echo $pagina_parseada;
?>
2. index_tpl.php<html>
<head>
[CONTENIDO_HEADER]
</head>
<body>
[CONTENIDO_BODY]
</body>
</html>
Se puede optimizar mucho mas, pero por acá van los tiros.
Saludos.