Suponiendo que ya agotaste y probaste lo que dice mysql sobre los crahses:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/crashing.htmlPuedes probar:
1. Actualizar el motor, que tienes una versión que dentro de poco se dejará de dar soporte.
2. Jugar con los parámetros, por ejemplo max_connextions.
3. Purgar todas las tablas de las bases de datos que tengas, lo cual "optimiza" de cierta manera el manejo de datos por parte del motor.
4. Verificar si tienes algun script en el cron que haga dump de las bds a modo de backup, si tienes muchas bds, puede que eso esté sobrecargando el proceso de mysq y producir éste tipo de crashes (lo comento por experiencia.)
5. Buscar en google lo siguiente (extraido del log): mysqld got signal 11 ;
Por ahi se habla de revisar ulimit (ojo con ésto no lo dejes igual que root).
Saludos.