Mientras puedes hacer tu kaly persistente, si lo arrancas desde usb, puedes asignarle un espacio de disco compartido y lo que hagas instales modifiques se conservará
no entiendo la duda. Dudo que puedas seguir jugando con otro jugador si se pierde la conexión. Los paquetes JSON los llevas de un lugar a otro y actualizas partes de su contenido en conveniencia. Las antes cookies y ahora, son llevadas por localstorage y sessionstorage.
Supongo que lo que comentas está relacionado con los permisos/autorizaciones a la hora de manipular esos archivos. Es por seguridad, pero deberías de poder cambiarlo...