si en mi caso tengo una carpeta que quiero ocultar pero tampoco quiero hacerla directorio raiz como podria hacerlo?
Si estás programando, php, perl, python, ... para el servidor web. Desde ellos puedes acceder a carpetas a las que al servidor web le es imposible.
Supón tu directorio raiz en /dir/dir/dir/html puedes acceder por ejemplo a /dir/dir/dir/misCosas y desde el servidor web es imposible por poco cuidado que esté el script o cgi-bin.
Saludos