HOLA!!!
segun mis pocos conocimientos sobre el tema plugin, que yo sepa los plugins no modifican el .exe. simplemente son "extensiones" por asi decirlo del programa, el cual el .exe debe estar preparado para reconocer y permitir ejecutarlos sin necesidad de volver a compilar el .exe original.
por tirar un ejemplo facil, el programa CCleaner cuando vas a seleccionar el idioma del programa tiene como 30 lenguajes, esos lenguajes si te fijas en la carpeta de instalacion, estan guardados en una carpeta con extension .dll, si yo borro alguno de esos archivos cuando voy al programa ya no existen y no puedo usarlos. y si me llegaria a crear yo un nuevo lenguaje y pongo ahi la .dll, el programa estaria listo para usar el lenguaje creado por mi con esa .dll nueva.
otro ejemplo es la widget library, eso si son plugins, el programa original simplemente reconoce los archivitos de los widget y los carga al sistema y permite ejecutarlos, yo me puedo crear 20 widgets y agregarlos sin la necesidad de modificar nada del .exe original.
si buscas en internet encontras en 2 segundos ejemplos de plugins en .NET, explicados, creo que aca ya se habia publicado algo en el foro, de ultima busca.
saludos.
+999
Ademas, el sistema de scripts es para hacer cosas on the fly , rutinas rapidas para no recompilar, pero se suelen usar para tareas simples y aisladas (ejemplo un parche que mandas por internet y el programa ejecuta) no para algo que abras todos los dias, para eso es necesario un sistema mas robusto como dice seba.
GRACIAS POR LEER!!!