¿Qué parte de "el diseñador del hardware... pudiera disponer de ciertas capacidades  de restricción ... Y esta parte debería ser ajena al S.O." no entiendes?.
Cómo vas a rootear una pieza del hardware que no participa en nada de eso, cómo vas a copiar una aplicación que solo está en la ROM y se ejecuta desde allí...
Que parte no entiendes si te señalo que si un diseño del hardware que se realiza aislado del resto de componentes y que no está sometido al software del S.O. si no que está por encima, que habilita o deshabilita patillas del chip, para acceder a memoria, bloquear secciones o simplemente liberar la unidad de ejecución de nada que tenga que ver con el S.O. antes de ejecutarse, etc, etc... no eres capaz de comprender...????.

En efecto... para que esto no fuera así, todos los fabricantes de telefonos móviles deberían ponerse de acuerdo o bien cada uno desarrollar por sí mismos de forma aislada su propia sistema.
Evidentemente, si se aplica a móviles, no impedirá en nada usar una consola de juego, lo mismo que si se aplicara tamnbién a consolas, tampoco impediría usar un coche de control remoto, etc, etc, etc...  siempre habrá aparatos electrónicos que de serie no tuvieren esas limitaciones, sin embargo de lo que hablamos es que es masivamente el móvil, la distracción principal de los estudiantes... luego a un problema específico, se le busca una solución específica.
Es absurdo que si te plantean un problema específico, debas proveer una solución universal... es lo mismo que si a lo que señalas a continuación yo te respondo lo siguiente:
Aunque uses un inhibidor de frecuencias, que te impedirá usar un sistema Morse, si se te antoja????. Pués al caso de proponer sistemas alternativos que no se aplique la restricción siempre habrá.