Seguro que muchos de vosotros os habéis encontrado ante el problema de deber comparar el código de alguna aplicación, de algún archivo php o css de una web, para encontrar sus diferencias. ¿Has modificado los estilos de un blog y no anotaste o no recuerdas todos los cambios? ¿Has añadido alguna funcionalidad a tu website mediante php y no la localizas entre las interminables líneas de código? Con Diffuse, éstas y otras tareas se aceleran ya que su sencilla interfaz (o mediante la terminal) muestra los archivos que deseamos comparar, además de localizar sus diferencias, línea a línea.

Diffuse es una aplicación libre y disponible para varias plataformas (GNU/Linux, Windows, Mac OS X y BSD). Para su instalación podemos proceder a la descarga del .tar.gz o de los paquetes .deb y .rpm que se ofrecen en la zona de descargas de su web oficial; también se encuentra en los repositorios de numerosas distros.



Como podéis ver en la captura superior, su interfaz gráfica es sencilla y fácil de entender para cualquier tipo de usuario. No obstante, si no comprendemos algo o deseamos ampliar nuestro conocimiento sobre las funcionalidades de Difusse, en su web también se ofrece un extenso manual con la relación y descripción de sus características.

Homesite: diffuse.sourceforge.net.

FUENTE :http://www.linuxzone.es/2011/06/27/diffuse-compara-codigo-facilmente/

Notepad++ también viene con un plugin para comparar archivos

Saludos

y Kompare ? viene con kde, y es fantástico. cuando no uso la consola por que el parche se hace denso de leer ahí, este programa cumple todas mis necesidades
Te tiro una captura (fijate si te va, aunque diría que lo pruebes) :



Saludos.