Era mas simple que todo lo que estaba pensando. Simplemente hay que ponerle un lugar en la ventana donde vaya a estar con el metodo setBounds al jlabel antes de añadirlo al jFrame.
Es decir, seria asi:
Código:
JLabel jj=new JLabel("Hola");
jj.setBounds(10,10,10,10);
jFrame.getContentPane().add(jj);
No hace falta hacer ni repaint, ni validate ni nada.
Muchas gracias a todos.
Un saludo