Bueno, me pase 30 minutos buscandolo y nunca me lo dejaban claro del todo hasta que me ayudo un compañero del msn.

Lo primero que tenemos que hacer es crear nuestro código java, y ahora lo guardamos como con el nombre de nuestra class totalmente identico, mayusculas, minusculas y etc... y con la extension .java.

Ahora vamos a consola y escribimos: javac NuestroArchivo.java
Y eso creara un archivo llamado NuestroArchivo.class, luego, volvemos a la consola y escribimos: java NuestroArchivo
sin la extension class ni nada por el estilo, solo java NuestroArchivo y se abrira aunque sea graficamente, se abrira.

Listo.

PD: Obio que necesitais tener instalado el J2SE y todos los kits de programador java...