algoritmo de recuperacion de cadenas

public static String leerArchivo(String nombre,RandomAccessFile r)
{
int car;
char c;
long posicion;
String cadena = null;
StringBuilder sb = new StringBuilder();
try
{
posicion = r.getFilePointer();
r.seek(posicion-1);
while((car = r.read()) != -1 && car != ' ')
{
if(!esSignoPuntuacion(car))
{
c = (char)car;
sb.append(c);
}
}
cadena = sb.toString();
}
catch(IOException ex)
{
System.out.println("No se pudo abrir archivo");
}
return cadena;
}
public static boolean esSignoPuntuacion(int car)
{
if(car == ',' || car == ';' || car == '.')
return true;
else
return false;
}

Bueno, primero fíjate en una cosa. No te solucionará el problema, pero puedes eliminar tranquilamente el parámetro nombre (de tipo String) de la función leerArchivo, ya que no lo usas y no te hace falta para nada.

Otra cosa es que cuando se invoca a leerArchivo, el archivo ya se encuentra abierto (si no, no hubieras podido crear el objeto RandomAccessFile r). Por tanto, en el catch la explicación "No se pudo abrir el archivo" es errónea y puede dar lugar a confusión. Si hay una excepción en ese punto, y por pantalla ves "No se pudo abrir el archivo", puede llevarte un tiempo llegar a la conclusión de que en realidad sí que se ha abierto, y que el error es otro. Por tanto, te recomendaría un ex.printStackTrace() en ese punto, si el programa se encuentra en fase experimental (te imprime la línea en que se produjo la excepción, la excepción en sí misma y la pila de activación, es muy útil en fases experimentales del desarrollo).

Y ya respondiendo a tu pregunta, fíjate en que tal y como está ahora, es totalmente imposible que leerArchivo te devuelva un signo de puntuación. Observa. Tal y como está ahora, si le pusieras una entrada:

char nombreVariable; Cosa

te devuelve "char", "nombreVariable" y "Cosa", pero la única razón por la que te devuelve esto es porque hay un espacio después del ;

Con

char nombreVariable;Cosa

obtendrías "char" y "nombreVariableCosa"

Lo que hace tu código ahora mismo es ignoral las , y los ;, no incorporándolos a la palabra en curso (pruébalo de todas formas, por si acaso, lo he hecho a ojímetro porque no tengo Java instalado en este ordenador).

Una posible solución es modificar tu leerArchivo para que al principio, antes de entrar en el while, compruebe si el carácter actual es un ; o una , en cuyo caso ha de devolverlo directamente. Si, por el contrario, empieza a leer letras y luego se encuentra con un ; o una , has de dejar de leer y hacer retroceder el puntero de lectura del archivo una posición, para que la próxima vez que invoques al leerArchivo te encuentres al punto y coma o a la coma en la posición actual.

Saludos