hola ccrunch, la opción de cifrar tu carpeta personal guarda similitud con aplicaciones varias para cifrar archivos o carpetas, como truecrypt por ejemplo; en este momento no recuerdo el tipo de cifrado que utiliza, lo que si es importante es que dicho procedimiento ralentiza muchísimo el sistema... lo mejor es cifrar algo puntual mediante luks o ecryptfs-utils o con el mismo truecrypt o bien hacerlo desde la instalación pero a disco completo (luks +lvm)
de esta forma, se cifra totalmente el disco a excepción de una pequeña partición de arranque, solamente se accedería por medio de la frase indicada. y la pérdida de rendimiento es despreciable (personalmente lo tengo de esa forma en una portátil modesta, y no presenta problemas al s.o.)
el proceso es automático desde la instalación, si elijes todo el disco... prepara la pequeña porción libre, luego crea una extendida cifrada (si la consultas desde otro dispositivo te saldrá como "no reconocida" XD) y dentro redimenciona las necesarias para instalar el sistema.
saludos
info...
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http://es.wikipedia.org/wiki/LUKS->
http://es.wikipedia.org/wiki/TrueCrypttambién el sitio de ubuntu en españa es muy bueno, hay tienen hilos de cifrado en carpeta con e-cryptfs o luks en forma manual, luego de una instalacion, por ejemplo.