En el 99.99% no es necesario declarar variables dinámicamente. Probablemente lo estés haciendo mal.
Las variables son propiedades del objeto window en el navegador. Con la sintaxis del operador array puedes definir una propiedad a la que acceder directamente por su nombre. Al igual que no haces window.alert() y haces alert() llanamente.
for (var i = 0; i < tuArray; ++i) {
window[tuArray[i]] = + "valor asignado";
}
Si necesitas algo más enrevesado o no tienes el objeto window usa eval.
var nombreVar = 'value';
for(var i = 1; i < numVarsPorDeclarar; ++i) {
eval("var " + tuArray[i] + " = " + "valor asignado " + ";");
}
Lo puedes usar directamente desde la barra del navegador convinado con javascript: