Hola,

¿Cómo podría definir un arreglo vacío?
Me explico...

var formdata = new FormData();
var my_array = []; // esto es un arreglo vacío, si por consola imprimimos este dato nos va a devolver: []
 
for(var i = 0; i < my_array.length; i++)
{
      formdata.append('my_array[]', my_array[i]);
}

Como el tamaño del arreglo es 0 porque está vacío, no va a entrar en ninguna interacción y no va a agregar dicho arreglo.

Intenté con algunas otras maneras pero siempre me termina agregando un dato vacío.. "" cuando lo llamo con formdata.get('my_array[]'); y lo que yo quiero que devuelva sea: [] que significa arreglo vacío.

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Mod: Sacados los comentarios a texto para mejor lectura.

Que se supone que quieres saberbo hacer?

El titulo de tu pregunta es como declarar un array vacio y ya lo estás haciendo.

En tu código tienes un bucle de 0 al tamaño del array vacio, que también es 0. Asique tu bucle hace 0 iteraciones, o lo que es lo mismo, no hace nada.

Aunque iterases una vez el bucle, estás haciendo append de un elemento de una array que no tiene elementos. El array no tiene dentro []. No tiene nada dentro. [] Es para delimitar los elementos que pertenecen al array.
var myArray = [1, 3];

Pregunta algo concreto o muestra el problema que quieres resolver.