No es solo de javascript:


En muchas otras librerias hacen eso. Realmente, importa poco el orden aunque es cierto lo que dicen aqui:

https://stackoverflow.com/questions/1045630/why-are-the-arguments-to-atan2-y-x-rather-than-x-y

I.e.:

Tangente = Cateto Opuesto (Y) / Cateto Adyacente (X)