Codigo copiado desde: http://bxip-wiki.blogspot.com/2010/12/obtener-contenido-de-una-web-por-java.html y modificado.

import java.io.BufferedReader;
import java.io.InputStreamReader;
import java.net.URL;
import java.net.URLConnection;
import java.net.URLEncoder;
 
 
public class Test {
    public static void main(String[] args) throws Exception {
        String query = "select a,b from c where a='asd' ";
        query = URLEncoder.encode(query, "ISO-8859-1");
        URL u = new URL("http://tu-web-donde-tienes-el-script-php/?query=" + query);
        URLConnection conn = u.openConnection();
        BufferedReader in = new BufferedReader(new InputStreamReader(
        conn.getInputStream()));
        String inputLine;
 
        while ((inputLine = in.readLine()) != null)
            System.out.println(inputLine);
            in.close();
    }
}
 

Suponiendo que llamaste a la URL desde un código similar al de arriba, en tu script PHP obtienes la consulta de éste modo:

$sql = $_GET['query'];
if ($sql) {
    //si hay alguna consulta comienza a CONECTAR a la BD
    $conexion = mysql_connect('sql.rockand.roll' , 'freddymercury' , 'queen');
    //seleccionar la DB
    $db = mysql_select_db('teletubies666',$conexion);
    //hacer la consulta a la BD
    $resultado = mysql_query($sql, $conexion);
    //y por ultimo retornar los datos
    if (mysql_num_rows($resultado)) {
        echo mysql_result($resultado, 0);
    }
}
 

Creo que eso es lo que quieres hacer tu, sin embargo como no sé JAVA podría no estar correcto esa parte. Todo ésto se puede hacer sin conocimientos tan solo con buscar un poco en google. Está demás decir que optimizes el codigo.