If CheckboxN.Name[(/^#{Regexp.escape(caracter)}$/)] Then...

Dim reg As New Regex(caracter) 
If reg.Match(CheckboxN.Name) Then

Imports System.Windows.Forms
Imports System.IO
 
Public Class Form1
    Dim filesystem As Object, ThisDir As Object
    Dim mCheck(0) As CheckBox 'matriz que contendrá los "X" CheckBox
 
    ' Start of Propertys
    Public Property userSelectedPlayerFilePath() As String
        Get
            Return playertextbox.Text
        End Get
        Set(value As String)
            playertextbox.Text = value
        End Set
    End Property
 
    Public Property userSelectedFolderPath() As String
        Get
            Return foldertextbox.Text
        End Get
        Set(value As String)
            foldertextbox.Text = value
        End Set
    End Property
 
    Public Sub GenerarPropiedades() 'metodo que generará la propiedad al producirse el cierre del formulario
        Dim CheckedN As String = Nothing 'la cadena que contendrá los CheckBoxes que estén Checkados
        For i As Int32 = 0 To mCheck.Length - 1 'recorro la matriz de los CheckBoxes
            If mCheck(i).Checked = True Then 'Si el CheckBox actual está checkado
                CheckedN &= i + 1 'Obtengo su indice y lo meto al string (si es Checkbox1 pues 1, si es chckbx2 pues 2) ...
            End If
        Next
        My.Settings.CuantosChecked = CheckedN 'Actualizo la propiedad
        My.Settings.Save() 'Guardo la propiedad
    End Sub
 
 
    Public Sub CargarPropiedad() 'método que comprobará que CheckBoxes fueron tildados la útlima vez
        Dim mCuantosChecked As Char() = My.Settings.CuantosChecked.ToCharArray 'Paso el String de la propiedad a una matriz
        'Simplemente hago esto para separar el String por indices (un caracter por indice)
        For Each caracter As Char In mCuantosChecked 'Recorro la matriz caracteres que contendrá los checboxes tildados
            For Each CheckboxN In mCheck 'Recorro la matriz de CheckBoxes, para comparar si está o no está tildado
                If CheckboxN.Name.Contains(caracter) Then
                    'Si el CheckBox actual contiene cualquier caracter de la propiedad
                    'que tiene los indices de los CheckBoxes tildados
                    CheckboxN.Checked = True 'Lo tildo
                End If
            Next
        Next
    End Sub
 
 
    ' update checkboxes
    Public Sub updatecheckboxes()
        ' delete the old checkboxes
        Panel1.Controls.Clear()
        ' create the new checkboxes
        Dim filesystem = CreateObject("Scripting.FileSystemObject")
        Dim ThisDir = filesystem.GetFolder(My.Settings.folderpath)
        Dim i As Int32 = 1
        'Dim mCheck() As CheckBox
        For Each folder In ThisDir.Subfolders
 
            'mCheck(i - 1) = New CheckBox()
            Array.Resize(mCheck, i)
            mCheck(i - 1) = New CheckBox()
            'MessageBox.Show("test")
            Me.Panel1.Controls.Add(mCheck(i - 1))
            With mCheck(i - 1)
                .Name = "Checkbox" & i - 1
                .Text = "Checkbox" & i - 1
                ' .Text = folder.Name
                .Location = New Point(10, i * 20)
            End With
            AddHandler mCheck(i - 1).CheckedChanged, AddressOf LlamadaCheckBox
            i = i + 1
        Next
        CargarPropiedad()
    End Sub
 
    ' Form close
    Public Sub Form1_FormClosing(sender As Object, e As FormClosingEventArgs) Handles Me.FormClosing
        GenerarPropiedades()
        'My.Settings.Save()
    End Sub
 
 
    ' Form load
    Public Sub Form1_Load(sender As Object, e As EventArgs) Handles MyBase.Load
        playertextbox.Text = My.Settings.playerpath
        foldertextbox.Text = My.Settings.folderpath
        updatecheckboxes()
    End Sub
 
 
    ' Folder button
    Public Sub C1Button3_Click(sender As Object, e As EventArgs) Handles folderbutton.Click
        Dim folderselected As New System.Windows.Forms.FolderBrowserDialog
        Dim Resultado As DialogResult
        folderselected.RootFolder = Environment.SpecialFolder.Desktop
        Resultado = folderselected.ShowDialog
        If Resultado.ToString() = "OK" Then
            userSelectedFolderPath = folderselected.SelectedPath
            My.Settings.folderpath = folderselected.SelectedPath
            My.Settings.Save()
            updatecheckboxes()
        End If
    End Sub
 
 
    ' Player button
    Public Sub C1Button1_Click(sender As Object, e As EventArgs) Handles playerbutton.Click
        Dim playerselected As New OpenFileDialog()
        playerselected.InitialDirectory = Environ("programfiles")
        playerselected.Title = "Select your favorite music player"
        playerselected.Filter = "Music players|mpc.exe;mpc-hc.exe;mpc-hc64.exe;umplayer.exe;vlc.exe;winamp.exe;wmp.exe"
        PlayerDialog.FilterIndex = 1
        Dim selection As System.Windows.Forms.DialogResult = playerselected.ShowDialog()
        If selection = DialogResult.OK Then
            userSelectedPlayerFilePath = playerselected.FileName
            My.Settings.playerpath = playerselected.FileName
            My.Settings.Save()
        End If
    End Sub
 
 
    ' Play button
    Public Sub C1Button2_Click(sender As Object, e As EventArgs) Handles C1Button2.Click
        'Process.Start(userSelectedPlayerFilePath, ControlChars.Quote & Path.Combine(ThisDir.Path, checkedpath1) & ControlChars.Quote)
    End Sub
 
 
 
    ' función que se ejecuta cuando cualquier checkbox es clickado
    Public Sub LlamadaCheckBox(ByVal sender As Object, ByVal e As System.EventArgs)
        Dim CheckboxN As CheckBox = CType(sender, CheckBox) 'a partir del sender creo el CheckBox (paso de objet a CheckBox para poder utilizar sus propiedades)
        'MsgBox(CheckboxN.Name)
 
    End Sub
 
End Class

Public Class Form1
    Dim filesystem As Object, ThisDir As Object
    Dim mCheck(0) As CheckBox 'matriz que contendrá los "X" CheckBox
...

    ' Form load
    Public Sub Form1_Load(sender As Object, e As EventArgs) Handles MyBase.Load
        foldertextbox.Text = My.Settings.folderpath
        updatecheckboxes()
    End Sub

    ' update checkboxes
    Public Sub updatecheckboxes()
        Dim filesystem = CreateObject("Scripting.FileSystemObject")
        Dim ThisDir = filesystem.GetFolder(My.Settings.folderpath)
        Dim i As Int32 = 0
        For Each folder In ThisDir.Subfolders
            i = i + 1
            Array.Resize(mCheck, i)
            mCheck(i - 1) = New CheckBox()
            MessageBox.Show("test")
            Me.Panel1.Controls.Add(mCheck(i))
            With mCheck(i)
                .Name = "Checkbox" & i
                .Text = folder.Name
                .Location = New Point(10, i * 20)
            End With
            AddHandler mCheck(i).CheckedChanged, AddressOf LlamadaCheckBox
        Next
        CargarPropiedad()
    End Sub

Public Class Form1
' el número aumentado a 999, sino no me funciona el segundo intento xD
    Dim mCheck(999) As CheckBox
...

    ' update checkboxes
    Public Sub updatecheckboxes()
        Dim filesystem = CreateObject("Scripting.FileSystemObject")
        Dim ThisDir = filesystem.GetFolder(My.Settings.folderpath)
        Dim i As Int32 = 0
        For Each folder In ThisDir.Subfolders
            i = i + 1
            mCheck(i) = New CheckBox()
            'Array.Resize(mCheck, i)
            MessageBox.Show("test")
            Me.Panel1.Controls.Add(mCheck(i))
            With mCheck(i)
                .Name = "Checkbox" & i
                .Text = folder.Name
                .Location = New Point(10, i * 20)
            End With
            AddHandler mCheck(i).CheckedChanged, AddressOf LlamadaCheckBox 'Asocio el evento CheckedChange del CheckBox actual a la función LlamadaCheckBox
        Next
        CargarPropiedad() 'Cargo las propiedades una vez dibujados los CheckBoxes
    End Sub

    ' update checkboxes
    Public Sub updatecheckboxes()
        ' delete the old checkboxes
        Panel1.Controls.Clear()
        ' create the new checkboxes
        Dim filesystem = CreateObject("Scripting.FileSystemObject")
        Dim ThisDir = filesystem.GetFolder(My.Settings.folderpath)
        Dim i As Int32 = 0
        For Each folder In ThisDir.Subfolders
            i += 1
            Array.Resize(mCheck, i)
            MessageBox.Show("test")
            mCheck(i) = New CheckBox()
            With mCheck(i)
                .Name = "Checkbox" & i
                .Text = folder.Name
                .Location = New Point(10, i * 20)
            End With
            AddHandler mCheck(i).CheckedChanged, AddressOf LlamadaCheckBox 'Asocio el evento CheckedChange del CheckBox actual a la función LlamadaCheckBox
            Panel1.Controls.Add(mCheck(i))
        Next
        CargarPropiedad() 'Cargo las propiedades una vez dibujados los CheckBoxes
    End Sub

  Dim mCheck(0) As CheckBox

       Dim filesystem = CreateObject("Scripting.FileSystemObject")
        Dim ThisDir = filesystem.GetFolder(My.Settings.folderpath)
        Dim folderindex As Integer = 0
 
        For Each folder In ThisDir.Subfolders
            folderindex += 1
            Array.Resize(mCheck, folderindex)
        Next
 
        For i As Int32 = 0 To mCheck.Length - 1
            mCheck(i) = New CheckBox()
            With mCheck(i)
                .Name = "Checkbox" & i
                .Text = folder.Name
                .Location = New Point(10, i * 20)
            End With
        Next

Dim mCheck(5) As CheckBox 'matriz que contendrá los "X" CheckBox

For i As Int32 = 1 To mCheck.Length - 1 'recorro la matriz de los CheckBoxes

Imports System.Windows.Forms
Imports System.IO
 
Public Class Form1
    Dim filesystem As Object, ThisDir As Object
    Public newCheckBox As New CheckBox()
    Dim mCheck(9999) As CheckBox 'matriz que contendrá los "X" CheckBox
 
    ' Start of Propertys
    Public Property userSelectedPlayerFilePath() As String
        Get
            Return playertextbox.Text
        End Get
        Set(value As String)
            playertextbox.Text = value
        End Set
    End Property
 
    Public Property userSelectedFolderPath() As String
        Get
            Return foldertextbox.Text
        End Get
        Set(value As String)
            foldertextbox.Text = value
        End Set
    End Property
 
    Public Property checkedpath1() As String
        Get
            Return newCheckBox.Text
        End Get
        Set(value As String)
            newCheckBox.Text = value
        End Set
    End Property
    ' End of propertys
 
 
    ' update checkboxes
    Public Sub updatecheckboxes()
        ' delete the old checkboxes
        Panel1.Controls.Clear()
        ' create the new checkboxes
        Dim i As Int32 = 0
        Dim posy As Integer = 0
        Dim filesystem = CreateObject("Scripting.FileSystemObject")
        Dim ThisDir = filesystem.GetFolder(My.Settings.folderpath)
        For Each folder In ThisDir.Subfolders
            i = i + 1
            mCheck(i) = New CheckBox() 'creo un CheckBox en cada espacio de la matriz
            With mCheck(i)
                .Name = "Checkbox" & i ' Le adjunto un nombre Checkbox1 / Checkbox2 y 3
                .Text = folder.name
                .Location = New Point(10, i * 20)
            End With
            'MessageBox.Show(mCheck(i).Name)
            AddHandler mCheck(i).CheckedChanged, AddressOf LlamadaCheckBox 'Asocio el evento CheckedChange del CheckBox actual a la función LlamadaCheckBox
            Panel1.Controls.Add(mCheck(i))
        Next
        CargarPropiedad() 'Cargo las propiedades una vez dibujados los CheckBoxes
    End Sub
 
 
    Public Sub CargarPropiedad() 'método que comprobará que CheckBoxes fueron tildados la útlima vez
        Dim mCuantosChecked As Char() = My.Settings.CuantosChecked.ToCharArray 'Paso el String de la propiedad a una matriz
        'Simplemente hago esto para separar el String por indices (un caracter por indice)
        For Each caracter As Char In mCuantosChecked 'Recorro la matriz caracteres que contendrá los checboxes tildados
            For Each CheckboxN In mCheck 'Recorro la matriz de CheckBoxes, para comparar si está o no está tildado
                If CheckboxN.Name.Contains(caracter) Then
                    'Si el CheckBox actual contiene cualquier caracter de la propiedad
                    'que tiene los indices de los CheckBoxes tildados
                    CheckboxN.Checked = True 'Lo tildo
                End If
            Next
        Next
    End Sub
 
 
    Private Sub GenerarPropiedades() 'metodo que generará la propiedad al producirse el cierre del formulario
        Dim CheckedN As String = Nothing 'la cadena que contendrá los CheckBoxes que estén Checkados
        For i As Int32 = 0 To mCheck.Length - 1 'recorro la matriz de los CheckBoxes
            If mCheck(i).Checked = True Then 'Si el CheckBox actual está checkado
                CheckedN &= i + 1 'Obtengo su indice y lo meto al string (si es Checkbox1 pues 1, si es chckbx2 pues 2) ...
            End If
            Me.Close()
        Next
 
        My.Settings.CuantosChecked = CheckedN 'Actualizo la propiedad
        My.Settings.Save() 'Guardo la propiedad
 
    End Sub
 
 
    ' Form close
    Private Sub Form1_FormClosing(sender As Object, e As System.Windows.Forms.FormClosingEventArgs) Handles Me.FormClosing
        'Este es el evento al que se llamará cuando se cierre la aplicación
        'Como ves al cerrar la aplicación llamamos al método GenerarPropiedades() para guardar los CheckBoxes que fueron tildados
        '      My.Settings.Save()
        GenerarPropiedades()
        Me.Close()
    End Sub
 
 
    ' Form load
    Public Sub Form1_Load(sender As Object, e As EventArgs) Handles MyBase.Load
        playertextbox.Text = My.Settings.playerpath
        foldertextbox.Text = My.Settings.folderpath
        updatecheckboxes()
        CargarPropiedad() 'Cargo las propiedades una vez dibujados los CheckBoxes
    End Sub
 
    ' Folder button
    Private Sub C1Button3_Click(sender As Object, e As EventArgs) Handles folderbutton.Click
        Dim folderselected As New System.Windows.Forms.FolderBrowserDialog
        Dim Resultado As DialogResult
        folderselected.RootFolder = Environment.SpecialFolder.Desktop
        Resultado = folderselected.ShowDialog
        If Resultado.ToString() = "OK" Then
            userSelectedFolderPath = folderselected.SelectedPath
            My.Settings.folderpath = folderselected.SelectedPath
            My.Settings.Save()
            updatecheckboxes()
        End If
    End Sub
 
 
    ' Player button
    Public Sub C1Button1_Click(sender As Object, e As EventArgs) Handles playerbutton.Click
        Dim playerselected As New OpenFileDialog()
        playerselected.InitialDirectory = Environ("programfiles")
        playerselected.Title = "Select your favorite music player"
        playerselected.Filter = "Music players|mpc.exe;mpc-hc.exe;mpc-hc64.exe;umplayer.exe;vlc.exe;winamp.exe;wmp.exe"
        PlayerDialog.FilterIndex = 1
        Dim selection As System.Windows.Forms.DialogResult = playerselected.ShowDialog()
        If selection = DialogResult.OK Then
            userSelectedPlayerFilePath = playerselected.FileName
            My.Settings.playerpath = playerselected.FileName
            My.Settings.Save()
        End If
    End Sub
 
 
    ' Play button
    Public Sub C1Button2_Click(sender As Object, e As EventArgs) Handles C1Button2.Click
        Process.Start(userSelectedPlayerFilePath, ControlChars.Quote & Path.Combine(ThisDir.Path, checkedpath1) & ControlChars.Quote)
    End Sub
 
    ' función que se ejecuta cuando cualquier checkbox es clickado
    Public Sub LlamadaCheckBox(ByVal sender As Object, ByVal e As System.EventArgs)
        Dim CheckboxN As CheckBox = CType(sender, CheckBox) 'a partir del sender creo el CheckBox (paso de objet a CheckBox para poder utilizar sus propiedades)
        MsgBox(CheckboxN.Name)
 
    End Sub
 
 
 
End Class