A ver, supongamos lo siguiente:
Partición C: 50 GB de datos
Partición D: 10 GB (que será lo que tienes previsto reservar)
Si haces una imagen exacta de partición a partición con Clonezilla, HD Clone o Ghost, obviamente no cabe.
En Ghost hay un método para crear una partición a archivo .gho que, además, se puede comprimir (pero es un proceso más lento).
http://www.hugorodriguez.com/cursos/backups-ghost_01.htmRecomiendo que las clonaciones se hagan, imprescindiblemente, en otro disco duro externo, ya que si algun dia falla el disco, fallará todo lo que contenga (inclusive las imágenes).
También puedes montar una RAID 1 (siempre mejor por hardware) por si algun dia se estropea un disco puedas seguir trabajando con el otro.
Montar raid 1 http://foro.elhacker.net/hardware/montar_raid_1-t151618.0.html