Apaga el equipo por completo ...no hibernar, ni suspender.
Eso hará que todos los enlaces a todos los archivos sean liberados, cuando inicies el equipo podrás defragmentarlo sin problemas.

Nota sin embargo, que la defragmentación requiere siempre que haya una cantidad de espacio libre mínimo en la unidad y que si se trata de una unidad electrónica (no un disco duro (un disco con un agujero físico en el medio que da vueltas)), no necesita defragmentación.

En última instancia si aún falla, pon dicha unidad como unidad esclava y no como primaria y lo defragmentas desde otro equipo o en el mismo pero en un modo de arranque desde un USB, 'modo a prueba de fallos', etc...

Por supuesto para que el archivo pueda ser defragmentado no puede tener errores de CRC (es decir no debe estar dañado). Si es el caso, antes de corre el programa de defragmentación, deberás chequear la unidad en busca de errores de superficie (en wind2 el típico comando "ChkDsk c: /f/v/r ")