desfragmentar en Batch.

Si "hacer un desfragmentador" significa hacerlo desde 0, vas a necesitar hacer el programa con un lenguaje de programación, y darle coporte commandline.

Si en cambio te refieres a hacer un batch que defragmente usando cualquier cosa... Pues de echo puedes usar el mismo deffraggler para desfragmentar con un batch... xD

Código:

Usage:
df64 /?
df64 /L [/debug]
df64 <drive> [/debug] [/Shutdown] [/fs | /fsad] [/QD]
             [[/Large <file type> <size>] ...] [/MinPercent <percentage>]
df64 <item> [<item>] [/S] [/debug] [/Shutdown]

  /?          Show this message.
  /L          List all supported drives.
  <drive>     Defrag drive.
  <item>      Defrag file or folder. This option can be set multiple times, but
              all items must be on the same drive.
  /S          Recurse into subfolders.
  /Shutdown   Shutdown system after defragmentation is complete.
  /fs         Perform freespace defrag.
  /fsaf       Perform freespace defrag (allow fragmentation).
  /Large      Move files of type <file type> greater than <size> MB to the end
              of the drive.
  /QD         Quick defrag drive.
  /MinPercent Defrag only if fragmentation percent is at least <percentage>%

Examples:

df64 C:
    Defrag drive C:

df64 C: /QD
    Quick defrag drive C:

df64 "C:\Program Files"
    Defrag "C:\Program Files" folder.

df64 C: /Large *.* 150
    Defrag drive C: and move all files greater than 150 MB to the end
    of the drive.

df64 C: /Large *.zip 150 /Large *.avi 150 /Large *.mkv 300
    Defrag drive C: and move following file types to the end of the drive:
       - *.zip files greater than 150 MB
       - *.avi files greater than 150 MB
       - *.mkv files greater than 300 MB

Df.exe es la versión x86.

Df64.exe es la x64.

Hay más en mi post:

http://foro.elhacker.net/scripting/batch_packs_de_aplicaciones_varias_commandlineinterface_actualizado_8julio-t322976.0.html

EDITO: También puedes usar el defragmentador de windows, claro, pero yo lo borré de mi instalación así que no puedo probarlo xD, además no se si permite desfragmentar archivos o carpetas sueltas.

Podrías probar arrastrando la carpeta que quieres desfragmentar, a un batch así:

Código:

@echo off
"%Windir%\system32\Dfrg.msc" %1
pause >nul

saludos