Hola a todos. Seré directo y sintético.
Este es mi PC:
Computer:      GIGABYTE B250M-D3H
CPU:           Intel Core i5-7400 (Kaby Lake-S, B0)
               3000 MHz (30.00x100.0) @ 3399 MHz (34.00x100.0)
Motherboard:   GIGABYTE B250M-D3H-CF
BIOS:          F6, 04/24/2017
Chipset:       Intel B250 (Kaby Lake)
Memory:        16384 MBytes @ 1066 MHz, 15-15-15-36
               - 8192 MB PC17000 DDR4 SDRAM - Corsair CMV8GX4M1A2133C15
               - 8192 MB PC17000 DDR4 SDRAM - Crucial Technology CT8G4DFD8213.C16FHP
Graphics:      GIGABYTE GeForce GTX 970 WindForce 3X OC
               NVIDIA GeForce GTX 970, 4096 MB GDDR5 SDRAM
Drive:         KINGSTON SA400S37120G, 117.2 GB, Serial ATA 6Gb/s @ 6Gb/s
Drive:         Corsair Force 3 SSD, 117.2 GB, Serial ATA 6Gb/s @ 6Gb/s
Drive:         CT250MX500SSD1, 244.2 GB, Serial ATA 6Gb/s @ 6Gb/s
Drive:         WDC WD1002FAEX-00Z3A0, 976.8 GB, Serial ATA 6Gb/s @ 6Gb/s
Sound:         Intel Kaby Lake - High Definition Audio / cAVS (Audio, Voice, Speech) [A0]
Sound:         NVIDIA GM204 - High Definition Audio Controller
Network:       Intel Ethernet Connection I219-V
Network:       RealTek Semiconductor RTL8192CE Wireless LAN 802.11n PCI-E Network Adapter
OS:            Microsoft Windows 10 Education (x64) Build 18363.1082 (1909/November 2019 Update)
Como podéis ver tengo 4 discos duros funcionando con un SO W10 activado con KMS pico en el SSD corsair de 120GB. He comprado un nvme m.2 corsair y quiero clonar el sistema. Antes de meterme a hacerlo  me gustaría que me resolviérais unas dudas que me surgen aun sabiendo que son copias exactas:
-Por cuestiones de trabajo-estudios estoy moviendo IDEs, JDKs, BD con ORACLE, MySQLserver etc. ¿Es posible que los directorios raíz de este tipo de programas no funcionen en el clon o fallen de algún modo?
-Una vez clonados ¿podré utilizar ambos SO en el mismo PC de forma independiente solo cambiando el boot?
-¿El SO clonado reconocerá los discos duros que uso para trabajar con las mismas funciones, las mismas rutas y con las mismas letras que en el SO origen?
-¿Es posible que se “estropee” la activación con KMS pico?
Son preguntas triviales, pero que me gustaría aclarar antes de tener sorpresas , pues dependo bastante de esta máquina. Tengo pensado usar Acronis si tenéis alguna otra sugerencia decídmelo.
Gracias.

Me parece muy interesante todo lo que me has comentado, solo aclarar:

-La placa base si que acepta el nvme 3 x4 (ya lo he mirado todo bien).

-El SSD de poca capacidad que tengo es mas que suficiente pues solo lo uso para el SO y programas como netbeans o SQLserver etc. guardando todo lo que genero con ellos en los otros discos. (Los programas grandes como juegos tampoco los guardo aqui evidentemente)

-En mi caso si que tiene sentido usar dos SO iguales en un principio para luego ir modificando cada uno a mi gusto desde ese punto de partida. (Aunque es cierto que quizas sea mejor instalar un w10 nuevo directamente, pero claro tengo que configurar todo)

Espero mas respuestas =)

Los Windows modificados no son confiables... se deben instalar Windows originales, configurarlos durante la instalación y luego activarlos uno mismo...