Cuando compras un antivirus (o cualquier otro programa) te mandan la licencia de activación (que es lo importante) y normalmente un link para descargarlo, al correo electrónico. En la página web también deberías poder descargarlo (deberás entrar con tu cuenta), no es necesario guardarlo en ninguna parte (a menos que tengas una conexión lenta a Internet).

No creo que tengas problemas a la hora de activarlo en la nueva instalación de windows. De todas maneras el servicio técnico debería ayudarte con cualquier problema relacionado con la activación.

Simplemente formatea bien (guardando tus archivos personales, eso si) y una vez instalado windows descargas el antivirus (desde el correo electrónico o la web) lo instalas y activas de nuevo.