Como pueden ver en la imagen, algunos iconos como este llevan un contorno gris con forma de cuadrado alrededor del icono, me tiene de los nervios y necesito una manera de eliminarlo

Lo mismo es porque son accesos directos

[Fe de erratas]

Es un marco que Windows pone cuando se utilizan iconos para algún programa, ejecutable, acceso directo, cuando no entran en el tamaño de los iconos del escritorio que fue configurado. No creo que se pueda eliminar. Una manera sería disminuyendo el tamaño de los archivos en el escritorio, o bien aumentando el tamaño del icono correspondiente, o bien vectorizándolo.