Hola!
Pues lo que estas haciendo mal, es llamar a la funcion system.
Estas llamandola así:

os.system.cls

Cuando la llamas asi, estas llamando al atributo "cls", dentro del objeto system, dentro del módulo os. De hecho, para python lo que haces esta "bien"(por ej, asi puedes ver los atributos de las clases), pero, al no existir "cls" dentro de system, da error.

Mira esto:

>>> import os
>>> help(os.system)
Help on built-in function system in module nt:
 
system(...)
    system(command) -> exit_status
 
    Execute the command (a string) in a subshell.
 
>>> os.system("cls")
0
>>> #como ves, no muestra el resultado de "cls", solo el "exit_status"(0)*
 

Entonces, debes llamar a la funcion system así: os.system(comando_a_ejecutar)
*comando_a_ejecutar tiene que ser una cadena, como "cls"(con las comillas).

Espero haberte ayudado.
Saludos!
EDITO: *Si lo ejecuto desde IDLE, no muestra el resultado de cls ni ningun otro comando, peero, si ejecutas python desde la consola funciona sin problemas 

Hola!
Segun se, no tiene ninguna diferencia usar comillas simples o dobles, lo que si, te permiten escribir cosas así:

>>> print "hola \"mundo\""
hola "mundo"
>>> print 'hola \'mundo\''
hola 'mundo'
>>> 

de esta forma:

>>> print "hola 'mundo'"
hola 'mundo'
>>> print 'hola "mundo"'
hola "mundo"
>>> 

La segunda forma(alternando las comillas) queda mas facil de leer.
Es la unica diferencia que se me ocurre.
Saludos!

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Sobre las comillas: http://elclubdelautodidacta.es/wp/2011/10/python-capitulo-22-comillas-simples-dobles-y-triples/

os.system('cls')

esa manera de hacerlo es dependiente de la plataforma y va a tirar al suelo la portabilidad de la que se hace gala en Python, además de ser una llamada costosa de realizar. Una forma de hacerlo es haciendo un bucle que inserte retornos de carro en el bufer de entrada para "simular" una limpieza de pantalla.

Saludos

Hola!
@WaAYa HaCK: Sobre los slash, en windows tambien podes escaparlos con otro slash y(al menos a mi) funcionan sin problemas(aunque queda mucho mas legible usar "/" )

>>> os.listdir("C:\\")
 
>>> os.listdir("C:/")

Saludos!

O esto:

print "\n " +500

No funciona xD, aún no se la sintaxis bien pero el code era algo parecido y escribía 500 líneas sin contenido, supongo que ya sabrán de que hablo xD

Aunque prefiero usar CLS de momento

saludos