El método upper() no tiene problema alguno con los números, el problema es que le estás pasando la tupla con los números (1,2) al método upper() y éste está aplicado al texto del print.

Haz esto, se solucionará el problema, pasándole primero la tupla con los números y a todo el conjunto aplicarle el método:

#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-
print ("numero %d y numero %d"%(1,2)).upper()

Un saludo.

No hay que disculpar nada hombre, cualquier cuestión no dudes en preguntar