Hola Panxin,
ajusta este codigo al tuyo y pruebalo

SET ESTA=NO

For /F "Tokens=1,2 Delims=;" %%f In ('Type "Lista.txt" ^| Find /I "%Rut_Cliente%"') Do (
SET ESTA=SI
ECHO AQUI VA EL PROCESO CUANDO EXISTE
)

IF %ESTA% ==NO ECHO AQUI PROCESAS SI NO EXISTE "%Rut_Cliente%"

Por cierto me podrías explicar esta instrucción que tienes al final de tu codigo?, el pause se que da una pausa pero el resto no lo entiendo.

Pause >Nul 2>&1

Saludos