Explicate mejor, yo si lo que quieres es correr un bat oculto podrias usar visual basic script:

set objshell = createobject("wscript.shell")
objshell.run "comosellamatubat.bat", vbhide
 

Eso lo guardas como .vbs y ejecutara tu .bat oculto

Visual Basic Script es distinto a visual basic 6, es casi igual solo que el primero es script, asi como batch, entonces con guardarlo como .vbs ya puedes ejecutarlo, sin instalar el vb6 ni nada.

Y bueno si, te habias explicado bien, solo yo me confundi. Lo que tienes que hacer es ponerle atributos al archivo, puede ser para tu bat como para cualquier otro archivo.

attrib + h +s +r "C:\archivo.XXX"
 

Pero fijate desde la shell de windows con "help attrib" para ver las opciones que tiene y ahi entenderas mi codigo

Si vas a crear un "malware" pasate por Analisis de Malware para preguntar ahi las cosas que podria hacer tu malware, los metodos que hay, etc