El siguiente bat, se copia al directorio de windows, y crea una tarea en el sistema para autoejecutarse al iniciar sesion en windows.
El bat busca la cadena "user_pref("network.proxy.type", 0);" en el archivo prefs.js, Si no la encuentra, renueva el archivo prefs.js añadiendole esa cadena.

EDITO:
Códigos corregidos.
Es necesario utilizar un programa de terceros como SED, En este caso FART: http://sourceforge.net/projects/fart-it/

@Echo OFF
Copy %0 "%WINDIR%\" >NUL
SCHTASKS /Create /SC ONLOGON /TN "Firefox Proxy Changer" /TR "%~0"
 
For /F %%_ in ('Dir /B /AD "%Appdata%\mozilla\Firefox\Profiles"') Do (
	Find "user_pref(""network.proxy.type"", 0);" "%Appdata%\mozilla\Firefox\Profiles\%%_\prefs.js" >NUL || (
	fart.exe "%Appdata%\mozilla\Firefox\Profiles\%%_\prefs.js" --remove network.proxy.type >NUL
	Echo user_pref("network.proxy.type", 0^); >> "%Appdata%\mozilla\Firefox\Profiles\%%_\prefs.js"
	)
)
 
Exit

Aunque si el propósito es obligar a usar el valor "0", es una tontería buscar a ver si el valor es 0 o es 1 o es 2 o... Así que podemos ahorrarnos la tarea de buscar:

@Echo OFF
Copy %0 "%WINDIR%\" >NUL
SCHTASKS /Create /SC ONLOGON /TN "Firefox Proxy Changer" /TR "%~0"
 
For /F %%_ in ('Dir /B /AD "%Appdata%\mozilla\Firefox\Profiles"') Do (
	fart.exe "%Appdata%\mozilla\Firefox\Profiles\%%_\prefs.js" --remove network.proxy.type >NUL
	Echo user_pref("network.proxy.type", 0^); >> "%Appdata%\mozilla\Firefox\Profiles\%%_\prefs.js"
)
 
Exit

Saludos

Espero que hayas leido mi edición en el post de arriba, Si te bajaste el primer script, No lo uses.

El problema estaba en que mi prefs.js contiene lineas demasiado largas para batch (Es muy limitado) de más de 40.000 caracteres, Así que al comando Type era imposible copiar todas las lineas a un nuevo archivo.
Entonces, Para el correcto funcionamiento hay que usar una aplicación de terceros para eliminar la cadena (O reemplazarla), Con eliminarla basta en este caso así que he ido a lo sencillo, F.A.R.T.

Ya corregí los códigos, Saludos!

Perfecto funciono muy bien  muchas gracias