Pero... ¿bajo que lenguaje estás?. Si estás en la plataforma .Net entonces puedes compilar bajo un modo neutral llamado "AnyCPU" totalmente portable, el executable resultante se iniciará en modo x86 o x64 dependiendo de la arquitectura del S.O. donde se inicie. Aparte de eso si tienes declarada alguna función de la API Win32 debes asegurarte de hacerlo portable manualmente (la herramienta CodeAnalysis de Visual Studio ayuda a detectar conflictos de protabilización en ese sentido).

Los instaladores portables bien puedes hacerlo con VSIX en Visual Studio, pero yo personalmente prefiero utilizar InnoSetup junto a las constantes, parámetros del compiler o funciones relacionadas para ese propósito (como IsWin64, ArchitecturesInstallIn64BitMode y ArchitecturesAllowed)

Info:

• http://www.jrsoftware.org/ishelp/topic_32vs64bitinstalls.htm

Saludos