Hola a todos!
Gracias por entrar.
Este foro verdaderamente tiene personas muy inteligentes y necesito de su ayuda.

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Yo tengo el Android Studio, la verdad se usarlo muy poco, para que se hagan una idea nada mas se crear el xml que si no mal entiendo es lo que se presenta en pantalla, lo visible de la aplicación. Que no es muchas ciencia tampoco. No se nada de java pero si de BATCH.
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Tengo el archivo en la SD llamado "programa.bat" y conecto el celular en la PC, que me reconozca el celular como una memoria extraíble y que con una aplicación desde el teléfono pueda ejecutar el archivo "programa.bat" en la PC sin tener que hacer uso de la misma.
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No se si es posible pero si lo es... Como seria el código java para hacerlo. Y si es posible y si quieren ayudarme a que al finalizar ese Batch la aplicación lo detecte y abra otra aplicación.
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https://drive.google.com/file/d/0B63OWY01nCQaaWotV0E3VGszN1U/view?usp=sharing
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Gracias por leer esto y por darme alguna respuesta, la verdad es que desde hace mucho tiempo que estoy viendo de como hacer esto, pero ya no aguante mas buscar por Internet y decidí hacer mi consulta en un foro donde haya personas que sepan de verdad.

Android está basaso en GNU/Linux, ¿Cómo piensas ejecutar un script DOS?

Lo que podrías hacer es ejecutar comandos de la shell, por ejemplo:

 ArrayList<String> commandLine = new
ArrayList<String>();
commandLine.add("logcat");
[...]
Process process = Runtime.getRuntime().exec(commandLine);
BufferedReader bufferedReader = new BufferedReader(new InputStreamReader(process.getInputStream()));

Saludos.

Puedes hacerlo si en el PC tienes un programa esperando el contacto del Android. Le pasas al programa el código, y él se encarga de ponerlo en un archivo y ejecutarlo.

Aunque el tema de conectar el programa con el Android con el cable, no lo sabría hacer. me parece ás fácil si lo haces con sockets por internet. Al fin y al cabo, así además obtendrías el poder de hacer eso desde cualquier lugar.

Y si la función de la aplicación fuera generar un archivo de auto arranque y cuando lo termine de generar, el archivo inicie el programa? eso tiene mas sentido no?
Que genere algo asi se me ocurre

 Muchas gracias por sus respuestas.

El virus recycle.vbs (creo que se llama asi) se auto ejecuta y es un solo vbs.
Virus con el mismo efecto:
http://www.taringa.net/posts/ciencia-educacion/17404812/El-virus-de-los-accesos-directos-v5-vbs.html
Como puedo utilizar su función de auto ejecución. Gracias por responder tan rapido