Ya hay proyectos fáciles de usar y de soft FLOSS (como planteás) como :

CMake -> http://www.cmake.org/
QMake -> http://doc.trolltech.com/4.6/qmake-manual.html
Boost.Build -> http://www.boost.org/doc/tools/build/index.html
SCons -> http://www.scons.org/

y esos son los que me acuerdo/usé ... CMake por ejemplo a mi parecer es el mejor, lástima algunas cosas bizarras en las sintaxis (Hijo de basic tenías que ser ! xD), como los condicionales ...

1) Un fichero de instrucciones no tiene que ser un "compiler", sino un make file o sistema de build/construcción, un archivo para "hacer"
2) usar variables para el compilador es inelegante, la idea es abstraer esto, la plataforma, y en todo caso proponer un modo de config avanzada donde se pueda elegir el compilador, pero preferir abstraer esto (salvo que quieras olvidarte lo de "cross-platform" o plantear cosas inelegantes)
3) No es necesario escribir un parser, no recuerdo qué sistema de build, pero había uno con el que me tocó lidiar que usaba Lua, hay muchos lenguajes embebibles : Lua,Squirrel, AngelScript, C#, Python, etc .... podés reusar esos proyectos FLOSS para tus proyectos, total, si vas a usar un mismo licenciamento ...

Saludos.